Esta iglesia fue construida en el siglo XVI, tras la reconquista del Reino de Granada. Durante estos siglos, el complejo, que alberga monasterio e iglesia, sufrió numerosas transformaciones; desde la destrucción de algunos de sus elementos durante la Guerra de la Independencia hasta verse transformado en una fábrica de harina a principios del siglo XX.

Durante muchos años la iglesia quedó abandonada, hasta que en estos últimos años se empezaron con los trabajos de rehabilitación. A día de hoy, la iglesia y convento de San Jerónimo componen, junto con el Palacio de los Enríque, un complejo monumental. Estatus que la Junta de Andalucía le concedió en el año 2017.